Tags: Арп

Лабораторные будни. Шпана.

Шура Форвард и Семен Реверс! Это же песня, товарищи мои! Мы продолжаем развлекаться на работе с названиями праймеров. Сегодня сделали очередной заказ. Выглядел он так (привожу только названия, которые будут написаны изготовителем на пробирках):

16Shura_Fw
16Semen_Rev

Мы помним, что Fw [Forward] и Rev [Reverse] обозначают направление синтеза цепочки ДНК с праймера: вперед и обратно. Ну вроде как поезда выходят из пунктов А и Б и едут друг другу навстречу - спокойствие! - каждый по своему пути. Хотя если точнее, то каждый по своей рельсе... и рельсы после этого удваиваются... Но к черту точность! Главное, что расписание, оно же условие реакции, составлено таким образом, что каждый новый поезд успевает доезжать только до конечного пункта, потому что потом рельсы заканчиваются... А удваиваться все время будет только участок пути А-Б. Так надо. Чтобы из космоса виднее было. Ну, то есть нам с вами. Ведь мы с вами тот еще космос по масштабам ДНК.

Отвлекся. Самый смак, что эти вот поезда будут перегонять Шура и Семен. Как вы думаете, кто они? Друзья-приятели, выросшие в одном московском дворе и вместе уходившие на фронт, а теперь вот перегоняют поезда, сдвинув кепки набекрень? Или Шура и Семен это советские Бони и Клайд, городская шпана, девочка-пацанка и долговязый еврей, когда-то умевший на скрипке. Или Шура и Семен это так звали моих бабушку и дедушку?
Или просто... Шура Форвард и Семен Реверс! Песня, застывшая в тексте!


PS Ах, да. Самое главное. Праймеры к гену, который кодирует 16S субъединицу рибосомальной РНК. Если короче: 16S rRNA, еще более рабочий вариант: 16S. Поэтому и 16S[emen] и 16S[hura]

Лабораторные будни. Огорчение.

103.45 КБ

Беда, беда, огорчение! У славной еврейской пары Маши и Миши Арп (о которых я писал ранее) с первого раза ничего не вышло. Но вы, уважаемые читатели, не пугайтесь, есть надежда. На приведенных рисунках доступно и незамысловато объяснено, что могло быть у нашей пары и что получилось. Напомню, что речь идет не о реальных людях, а о праймерах для полимеразной цепной реакции (ПЦР). Но можете закидать меня камнями, если не верите, что я отношусь к ним как к родным, как к живым и самостоятельным. С почтительностью и уважением. Как к людям, от которых я в данный момент добровольно завишу. Так вот, от участия нашей славной пары - Маши и Миши Арп - в реакции ПЦР зависело будущее ожидаемого "потомства". Потомство могло быть таким же славным, бойким, веселым и картавым, как на рисунке 2 (полосочки a, b, c, d, e). Но... Ничего не вышло... Та размазня, что пронумерована на рисунке 1 не годится даже в сыновья этим мерзким Шмерам (это я тут пошутил, стоит пояснить: шмер - это та пронумерованная фигня, что видна на форезе, когда "ничего не получилось" как на рисунке 1; и еще очень похоже на еврейскую фамилию, правда?). Неожиданность еще и в том, что все-все условия для Маши и Миши были соблюдены в точности как советовали в высоконаучных статьях. Но не буду отягащать вас подробностями, пообещаю лишь, что буду держать в курсе событий. Тем более что "потомство" от ARPmishaF и ARPmashaR мне необходимо получить хоть ты в лепешку разбейся.

Заказ праймеров

Отправили сегодня в Синтол заявку на праймеры. Праймеры будут поднимать фрагмент в гене Arp, в котором у бледной трепонемы может находиться разное количество 60-буквенных повторов. По количеству повторов проводят типирование этого микроорганизма. Это важно для изучения распространения штаммов на территории страны, например. Или, если другими словами, то для изучения молекулярной эпидемиологии сифилиса. Праймеры к этому гену заказываем уже не первый раз, и все простые варианты названий уже закончились. Недолго думая, решили назвать праймеры Миша и Маша. Миша был прямым праймером (Forward), а Маша - обратным (Reverse). В итоге заказ выглядел вот так:

ARPmishaF: 5' ACA AGT CAG GAC GGA CTG TCC CTT GC 3'

ARPmashaR: 5' AGG TAT CAC CTG GGG ATG CGC ACG 3'